近几年，随着农产品安全日益受到重视,生产无公害有机绿色食品的生态农业和有机农业正在快速发展。这就要求不用或少用化学肥料、化学农药和其他化学物资，以促进作物增长同时不产生和积累有害物质，减少环境和土壤污染。为满足这一需求，具有特殊功能的微生物制品和多种微生物肥料陆续问世。
微生物肥料是通过特定的微生物的生命活动，增加植物的营养或产生植物生长激素，促进植物生长的一种肥料，是农业生产中使用肥料的一种。
微生物肥料分为微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三类。
微生物菌剂是指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭、蛭石)，吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根,具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用；
复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。根据营养物质的不同，可分为微生物和有机物复合、微生物和有机物质及无机元素复合。如根据作用机理则可分为以营养为主、以抗病为主、以降解农药为主， 也可多种作用同时兼有。如按其制品中特定的微生物种类，复合微生物肥料还可这样分类：细菌肥料(根瘤菌肥、固氮、解磷、解钾肥)、放线菌肥(抗生肥料)、真菌类肥料(菌根真菌、霉菌肥料、酵母肥料)、光合细菌肥料。
微生物肥料的剂型有液体和固体两种，微生物肥料中的有益微生物进行生命活动时需要能量和养分，进入土壤后,当能源物质和营养(如水分、温度、氧气、酸碱度、氧化还原电位因素等)供应充足时，其所含有的有益微生物便大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其效果。反之，则无效果或效果不明显。
生物有机肥则是指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的肥料，兼具微生物肥料和有机肥双重效应。生物有机肥分为土家肥(堆肥、沼渣)和商品生物有机肥两种。后者为商品化生产后的生物有机肥，即农家肥商品化生产后的产物。有机肥和微生物菌剂，每克含菌量大于2000万功能菌。
现在社会上对微生物肥料的看法，存在两个极端
一种看法认为它肥效高，把它当万能肥料，甚至认为可完全代替化肥；
另一种看法，则认为它根本不能算作肥料，不使用或者仅作为配肥使用。
其实，这两种看法都存在片面性。首先微生物肥料与富含氮磷钾的化学肥料不同，微生物肥料是通过微生物的生命活动直接或间接地促进作物生长，抗病虫害，改善作物品质，而不仅仅以增加作物的产量为惟一标准。其次，从目前的研究和试验结果来看，微生物肥料不能完全取代化肥，但在同样有效产量构成的情况下，可不同程度减少化肥使用量。
除此之外,每一种肥料都有其使用作物和地区，目前还没有一种肥料可以用到哪里都灵。微生物肥料属于肥料中的一种，从微生物种类及其功能来看，与传统的化肥和有机肥又有着本质的区别。